El pintor encontró en Malta su refugio (durante un tiempo) y realizó la obra más importante de su carrera.
Cualquier visita a Malta, implica visitar los dos cuadros del artista que se encuentran en el interior de la Concatedral de San Juan: La Decapitación de San Juan y San Jerónimo escribiendo.
La historia de Caravaggio (Milán 1571-1610) en Malta no es menos misteriosa que el resto de su biografía. Caravaggio fue el enfant terrible de la pintura italiana barroca. Se dice que fue recibido por los Caballeros de San Juan tras lograr escapar de Italia, donde había sido acusado de asesinato. Así, el artista se refugió en Malta durante, aproximadamente, un año. Su primer paso fue retratar a un caballero de la Orden de San Juan llamado Alof de Wignacourt a través de su técnica óleo sobre lienzo, cuyo cuadro se conserva hoy en el museo Louvre de París.
Caravaggio tenía un gran interés en entrar en la Orden de Malta, pero había algunas condiciones que él no cumplía, como por ejemplo el hecho de no ser religioso y las habladurías sobre su asesinato en Roma. Por ello el artista sabía que no le iba a ser fácil entrar en la orden, y usó la gran pintura como pago para poder entrar en ella, ya que al ser su sueño haría cualquier cosa por conseguirlo. Finalmente, el 14 de junio de 1608, era investido caballero con todos los honores, y una de las prohibiciones como tal era la de no poder salir de la isla sin permiso.
Cuando el maestro se encontraba en pleno auge de su popularidad en Malta y, sin razón aparente, fue arrestado y puesto prisionero en el Fuerte de St. Angelo, del cual logró escapar con la ayuda misteriosa de alguien que, también, le permitió salir del país, lo que le convirtió, de nuevo, en fugitivo. De esta forma, Malta puede presumir de contar con uno de los atractivos artísticos y culturales más famosos que son las obras que el pintor Caravaggio dejó en Valletta.
Si bien, la obra que marca su estancia y su carrera es La Decapitación de San Juan, el cuadro de mayor tamaño del maestro y el único que firmó. La Decapitación de San Juan es su gran cuadro y palabras textuales ya que mide 361 x 520 cm. Se halla en el lugar apropiado si se tiene en cuenta que el templo está dedicado a San Giovanni dei Cavalieri porque, como se deduce del nombre, éste es el patrón de la Soberana Orden militar. Sin embargo, conviene aclarar que el San Juan representado en el lienzo no es el Apóstol sino el Bautista: aquel que bautizó a Jesús e increpó públicamente a Herodes y Salomé hasta que ella exigió su cabeza.
Caravaggio sitúa la escena en una amplia mazmorra dotándola de una composición clásica y un equilibrio poco habitual en sus obras. El típico ambiente tenebrista está aquí mucho más matizado, pero, en cambio, no faltan sus habituales tipos populares para representar a los personajes: una chica joven, una anciana, un noble, el verdugo… A la derecha, dos testigos contemplan la escena desde una ventana, recurso que permite introducir al espectador en el cuadro.
Para cualquier amante del arte y, por supuesto de las obras de Caravaggio, en Malta podrá admirar muchas pinturas dejadas por uno de sus más grandes admiradores: Mattia Preti, otro artista italiano que vivió durante mucho tiempo en el archipiélago, donde elaboró espléndidas pinturas y obras que aún se pueden admirar en muchos lugares, como la propia Concatedral de San Juan, de la que se encargó de la mayoría de las decoraciones.